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RIP-seq

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项目介绍

RIP-seq（RNA Immunoprecipitation）是研究细胞内蛋白与RNA相互作用的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能更有效地发现miRNA的调节靶点。

技术原理

RIP-seq是运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。 RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀RIP技术的类似应用，但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物，因此RIP实验的优化条件与RIP实验并不相同。RIP实验下游结合二代测序技术称为RIP-seq，通过高通量测序和分析，深度解析与目标蛋白相互结合的RNA的区域或种类和相互作用强弱。

应用

RIP-seq技术可用于研究蛋白质与RNA的直接作用、蛋白在转录层面相互作用、研究与蛋白结合的RNA序列。

实验流程

分析流程

1.基础分析流程

2.可选分析流程

样品要求

送样要求

1.提供无支原体或其他污染，活力达90%以上的细胞，细胞数量≥2.5X10⁷。

2.运输前细胞需交联固定（固定方法可联系技术经理获取）。

3.保存于-80℃冰箱，干冰运输。

项目案列

GO分析SRSF6下游的靶点基因所涉及的细胞通路及功能

RIP-Seq与RNA-Seq联合分析获得SRSF6的RNA序列结合热点

PRC2的RIP-Seq所获得的RNA表达值以及属性分析结果

RIP-Seq的原理图以及5mC富集的RNA在编码序列上的分布和含5mC的RNA的表达水平分析

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