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单细胞ATAC测序

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项目介绍

真核生物染色体是由DNA分子包裹组蛋白形成的核小体结构并通过一系列折叠过程而形成的。大多数基因组中的染色质都紧紧缠绕在细胞核内，一部分呈松散的状态。为染色质开放区。而DNA的复制转录是需要将DNA的紧密结构打开，打开的染色质允许其他调控因子结合的特性。因此认为染色质的可及性与转录调控密切相关。

斯坦福大学的研究人员2013年在Nature Methods首次发表。Greenleaf实验室的Buenrostro等发布了一项整合的、多维的遗传学分析方法，这种方法通过Tn5转座酶将测序的adapters插入到基因组上的“可接近”区域来标记调控的区域。这种转座酶可接近性染色质的研究方法(assay of transposase accessible chromatin, ATAC-seq)可以最少只利用大约500个细胞就可以快速的得到调控的多维信息，比其他方法要节省大约3到5个数量级的细胞。并且由于ATAC-seq的实验流程中没有片段选择的步骤，所以这种方法可以同时获得“开放”染色质的位置、转录因子的结合位点、核小体的调控区域和染色质状态等信息。

实验流程

样品要求

单细胞核悬浮液

浓度：3000-5000个细胞核/ul；体积：＞50ul；核膜完整性较好。

单细胞悬浮液

浓度：500-2000个细胞/ul；细胞总数：＞10⁶ ；细胞活性：＞90%。

项目案列

转录因子鉴定细胞类型

转录因子与细胞类型

Peak峰共可及性分析

细胞聚类

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