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    CAMPOS原子仿真环境(ASE)介绍
    来源: 时间:2022-12-16 16:16:54 浏览:2165次

    ASE是一个用Python编程语言编写的原子模拟环境,目的是建立、指导和分析原子模拟。ASE在设计过程中有许多“设计目标”,使得它具有以下特性:

    1. 易于使用——用ASE建立原子总能量计算或分子动力学模拟是简单而直接的。ASE可以通过图形用户界面、命令行工具和Python语言来调用。Python脚本是很容易理解,也是通用性非常操作系统中,不进行任何代码修改的情况下执行非常复杂的模拟任务。例如,一系列顺序计算可以使用简单的“for-loop”构建执行强的编程语言。新用户可以很容易地调用ASE的所有功能。

    2. 灵活——由于ASE是基于Python语言编写的,因此可以在不同的。使用ASE模块可以执行许多标准的模拟任务。

    3. 可定制——ASE中的Python代码由用于不同目的的模块组成。其中包括用于计算能量、力和应力的ase.calculators,用于控制原子运动的ase.md和ase.optimize,还有constraints对象,以及NEB(nudged-elastic-band)方法的模块等。面向对象代码的模块化使得向ASE贡献新功能变得非常简单。

    4. Python化——通过使用流行的NumPy包进行数值工作(有关的简短介绍,请参阅“Python中的数值数组”部分),它可以很好地嵌入到其他的python代码当中。Python语言的使用使得ASE既可以交互使用,也可以在脚本中使用。

    5. 开放参与——ASE(CAMPOS原子仿真环境)是在”GNU Lesser General Public License version 2.1“许可体系或其任何更新版本下发布的。参看COPYING或者COPYING.LESSER网页,或在GNU的web服务器http://www.gnu.org/licenses/上查看许可。每个人都可以被邀请参与使用和开发代码。

    ASE通过Calculators模块为很多不同的计算软件提供交互界面,它们可以与核心Atoms模块和许多ASE中的算法配合使用。如下例:

    >>> # Example: structure optimization of hydrogen molecule

    >>> from ase import Atoms

    >>> from ase.optimize import BFGS

    >>> from ase.calculators.nwchem import NWChem

    >>> from ase.io import write

    >>> h2 = Atoms('H2',

    ...            positions=[[0, 0, 0],

    ...                       [0, 0, 0.7]])

    >>> h2.calc = NWChem(xc='PBE')

    >>> opt = BFGS(h2)

    >>> opt.run(fmax=0.02)

    BFGS:   0  19:10:49    -31.435229     2.2691

    BFGS:   1  19:10:50    -31.490773     0.3740

    BFGS:   2  19:10:50    -31.492791     0.0630

    BFGS:   3  19:10:51    -31.492848     0.0023

    >>> write('H2.xyz', h2)

    >>> h2.get_potential_energy()

    -31.492847800329216

    Calculators模块支持的计算软件



    计算狗

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    12条评论
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    全部 3小时前 四川
    文字是人类用符号记录表达信息以传之久远的方式和工具。现代文字大多是记录语言的工具。人类往往先有口头的语言后产生书面文字,很多小语种,有语言但没有文字。文字的不同体现了国家和民族的书面表达的方式和思维不同。文字使人类进入有历史记录的文明社会。
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