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【技能】Win10系统Bash中快速安装和使用LAMMPS的方法
来源:本站 时间:2019-10-25 16:19:09 浏览:4946次


前言

对于LAMMPS初学者来说,第一件事就是在自己电脑上安装一个可以运行的LAMMPS程序。但是大多数初学者都是自己课题组模拟计算的先锋队,没有安装和使用LAMMPS的经验,并且习惯了Windows操作系统,更不愿意将自己的电脑系统转变为Linux系统。因此,部分初学者会在自己的电脑上安装虚拟机,在虚拟机中安装和使用LAMMPS;另外一些初学者可能会尝试在自己的电脑上安装上双系统。这两种方式笔者都尝试过,用起来存在很多不方便得地方,特别是双系统,经常需要在Windows系统和Linux系统来回切换,笔者已无力吐槽这种方式。

Build 2016大会上,微软公司公布了重磅消息,Win10系统下可以直接使用基于Ubuntu的Bash Shell,不再需要安装笨重的虚拟机,并且Bash用起来更加顺畅,与Windows系统共享存储的文件,与受众的亲和力有了很大的提高。

本文对Win10系统下如何安装和使用LAMMPS进行了简单总结,供初学者参考。整个安装过程包括两部分:(1)在Win10系统下启动Ubuntu系统;(2)Ubuntu系统下LAMMPS的安装和测试。


安装过程

✦ 在Win10系统下启动Ubuntu系统

Win10系统安装过程中本身不包含Ubuntu系统,需要手动添加,添加的方法非常简单。

(1)具体安装过程为:打开设置——更新和安全——开发者选项——选择 “开发人员模式”。

(2)然后进入控制版面——程序——启动或关闭Windows功能——勾选“适用于LinuxWindows子系统”——点击确定。安装过程中需要重启计算机,并且需要下载Linux安装程序。

(3)安装之后可以直接在搜索中输入“bash”就可以找到安装的bash shell,也可以直接在cmd中输入“bash”转换到bash shell。

✦ Ubuntu系统下LAMMPS的安装和测试

第一种方法非常简单,根据LAMMPS官方手册,可以直接采用编译好的可执行文件进行安装。复制以下命令,依次执行,即可获得执行文件lmp_daily

1)sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps

2)sudo apt-get update

3)sudo apt-get install lammps-daily

4)cd /lammps/examples/HEAT(打开LAMMPS中有关传热的例子)

运行程序测试:mpirun -np 8 lmp_daily -in in.spce.hex

或者:mpirun -np 8 lmp_daily < in.spce.hex

第二种安装方法稍微复杂一点,但是对初学者来说也并不难

1)sudo apt install -y build-essential ccache gfortran openmpi-bin libopenmpi-dev libfftw3-dev libjpeg-dev libpng12-dev python-dev python-virtualenv libblas-dev liblapack-dev libhdf5-serial-dev hdf5-tools(更新和安装LAMMPS所需要的安装包,这部分可以根据需要选择性安装)

2)wget http://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz(从官网下载LAMMPS安装包)

3)tar xvzf lammps-stable.tar.gz(解压安装包)

4)cd lammps(注意:这里解压后的文件夹名为lammps,而实际解压的文件名可能不同,需要根据实际解压的文件名进行调整,可以在命令行输入“ls”进行查看)

5)cd src/

6)make -j 4 mpi(编译可执行的文件,成功后会在src文件夹下面得到执行文件名字为 “lmp_mpi”。但是在每次计算中,都需要将可执行文件的绝对路径添加上才能计算,比较麻烦。可以通过设定临时路径或者修改 “.bashrc”文件解决这个问题,两者择一即可)

保存临时路径(第一种方法)

7)cd(跳转到根目录)

8)mkdir lmp(建立临时文件夹lmp)

9)cp lammps/src/lmp_mpi ./lmp/(将可执行文件复制cp到lmp中)

10)pwd(显示当前路径)

11)LAMMPS_DIR=$PWD(保存临时路径,并进行测试)

12)cd /lammps/examples/HEAT(打开LAMMPS中有关传热的例子)测试:mpirun -np 8 $LAMMPS_DIR/lmp_mpi -in in.spce.hex

或者:mpirun -np 8 $LAMMPS_DIR/lmp_mpi -in in.spce.hex

或者修改 .bashrc文件(第二种方法)

13)执行完上述步骤后继续下面的步骤

14)vi .bashrc(输入i,进入编辑模式,并且在.bashrc文件结尾添加“ export PATH=~/lmp:$PATH”;然后点击ESC键,分别输入冒号wq,点击Enter,完成对文件的修改)

15)source  .bashrc

16)cd /lammps/examples/HEAT(打开LAMMPS中有关传热的例子)运行程序测试:mpirun -np 8 lmp_mpi -in in.spce.hex

或者:mpirun -np 8 lmp_mpi < in.spce.hex

本文主要参考了LAMMPS手册:https://lammps.sandia.gov/doc/Howto_bash.html

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全部 3小时前 四川
文字是人类用符号记录表达信息以传之久远的方式和工具。现代文字大多是记录语言的工具。人类往往先有口头的语言后产生书面文字,很多小语种,有语言但没有文字。文字的不同体现了国家和民族的书面表达的方式和思维不同。文字使人类进入有历史记录的文明社会。
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